С середины XVI века, на начальном этапе создания ныне принятой исторической хронологии, некоторые учёные высказывали сомнения в правильности формирующихся хронологических представлений.
В XVI веке французский юрист и философ Жан Боден отмечал противоречивость современных ему хронологических построений и критиковал использование астрологических методов датировки событий, активно применявшихся его современниками — Юлием Цезарем Скалигером, отцом Иосифа Скалигера, и Джироламо Кардано, но против применения нумерологических методов он не возражал, и активно их использовал. Профессор Саламанкского университета де Арсилла тогда же утверждал, что вся античная история выдумана средневековыми монахами.
В XVII—XVIII веках с критикой общепринятой хронологии выступали Исаак Ньютон, Жан Гардуэн и Пётр Никифорович Крекшин. Ньютон высказал критику и привёл свою версию хронологии в работах «Краткая хроника исторических событий, начиная с первых в Европе до покорения Персии Александром Македонским», и «Правильная хронология древних царств». Отклики современников (главным образом историков и филологов) на сочинения Ньютона (включая и его «Принципы») были отрицательными — его построения были объявлялены «заблуждениями почётного дилетанта». Впоследствии Чезаре Ломброзо назвал эти работы результатами «предсмертного помешательства гения». К концу XIX века о хронологических исследованиях Ньютона вспоминали только как о причудливом факте биографии учёного, развития его идеи не получили.
В XIX веке традиционную хронологию оспаривали Роберт Балдауф и Эдвин Джонсон.
Предшественником современных разработчиков «Новой хронологии» был русский учёный Николай Александрович Морозов. В начале XX века он опубликовал ряд работ («Откровение в грозе и буре», «Пророки», «Христос. История человеческой культуры в естественно-научном освещении»), в которых переосмыслил хронологию древней истории вплоть до XIII века, а также некоторые более поздние события. В частности, Морозов отверг традиционную концепцию «монголо-татарского ига» в истории Руси, указав на многочисленные несоответствия этой концепции фактическому материалу. По мнению Морозова, в этот период русские земли подвергались нападениям крестоносцев.
Морозов опирался на исторические источники, а также на астрономические данные. Проанализировав традиционные датировки многих астрономических явлений древности, он нашёл их ошибочными и предложил собственные варианты, которые оказались гораздо ближе к современности. Кроме того, он проанализировал астрономические данные по древнему Китаю и заключил, что все древние записи об астрономических явлениях в Китае недостоверны. Некоторые списки астрономических явлений он назвал явными подделками (например, записи о десятке солнечных затмений, случившихся за пятнадцать лет — такого количества хорошо видимых затмений на одной территории за столь короткий срок быть не может), в других обнаружил множество поздних дополненений, почерпнутых в новое время из данных европейских астрономических наблюдений (что делает эти источники бесполезными для целей хронологии).
Поначалу работы Морозова были встречены с интересом. Сам термин «Новая хронология» родился в дискуссии по поводу его трудов — его впервые употребил историк Н. М. Никольский в статье «Астрономический переворот в исторической науке. По поводу книги Н. А. Морозова „Христос“, Ленинград, 1924», опубликованной в Новом Мире, № 1, 1925, с. 156—175. Ответ Н. А. Морозова был опубликован в № 4 журнала на с. 133—143 в том же году (обе статьи опубликованы в VIII томе переиздания морозовского «Христа» 2000 года, на стр. 687—709). В 1932 году Н. А. Морозова избрали почётным академиком СССР как «выдающегося химика, астронома, историка культуры, писателя и деятеля русского революционного движения». Некоторые западные историки, например, Иммануил Великовский, использовали идеи Морозова для обоснования теории «катастрофизма», которая, хотя и отчасти объясняла факты, указанные Морозовым, придерживалась средневековой концепции цикличности и «смены царств». Однако, постепенно, интерес к трудам Н. А. Морозова угас.
В середине 1960-х годов математик, профессор МГУ Михаил Михайлович Постников попытался возродить и развить морозовские идеи, после того, как профессор МВТУ и сотрудник ВЦ АН СССР (впоследствии — академик) Никита Николаевич Моисеев указал ему на многотомного «Христа». Постников попробовал организовать совместное обсуждение хронологических проблем с математиками и профессиональными историками, но успеха в этом предприятии не достиг. Историки-нонконформисты, к которым обращался М. М. Постников, не восприняли математические методы как средство, которое могло бы принести пользу исторической науке. Например, Лев Гумилёв заявил М. М. Постникову после его лекции: «Мы, историки, не лезем в математику и просим вас, математиков, не лезть в историю!». (Постников М. М. «Критическое исследование хронологии древнего мира, I том»,- М.: Крафт+Леан, 2000, стр. 6)
